当今，随着RFID技术的不断发展，RFID应用为我们的生活和各个行业提供了很大的便利。然而，RFID技术也存在一些不足的地方。例如，铁道部车号自动识别系统目前还是封闭的，无法和其它系统相连接。要是铁道部车号自动识别系统能够开发，将非常有利于整个物流行业的信息化。

由于工作在低频和受张贴物的材质的限制，在遇到一些磨损、水封或者磁化等干扰问题时，识别效果很容易受到影响，甚至当批量的产品同时经过API识别装置时，也很有可能出现丢读、错读的情况。广州、上海、四川虽然给生猪及猪肉刻上了电子标签，但对于市民来讲，价格和电子标签阅读的方面都存在一定问题。

香港机场管理局也由于成本过高和读取率较低，导致RFID计划并未获得航空公司的普遍支持，测试成功尚需时日，正式运营更是遥遥无期。香港机场管理局对RFID技术有着巨大的业务需求：随着香港国际机场的客运量不断增加，正在使用中的行李输送系统，其负荷量已接近饱和。要确保机场最终处理能力每年达到8700万人次(即每天24万人次)的目标，有必要采取RFID技术代替。香港机场管理局RFID计划原打算在2005年初推出。但由于未得到航空公司的普遍支持而“搁浅”。香港机场管理局认为，造成这一结果的原因一方面在于现阶段使用的卷标成本太贵，香港机场管理局现时在处理行李运送的条形码卷标，每个售价仅为15至25美分，但使用RFID的成本较前者高数倍以上，所以很难说服航空公司合作采用RFID技术。另一方面在于香港机场管理局正在测试中的系统，卷标成功读取率只有85%，效果并不理想。这在一定程度上阻碍了航空公司与之合作的积极性，香港机场管理局相关负责人表示，只有读取率达到百分之九十七以上方能为航空公司接受。

这些问题是RFID在推广过程中不得不面对的问题，连世界上最大的零售商美国沃尔玛集团也并没有很好的调和这种矛盾，最终导致RFID应用计划放缓，而国内的零售大腕物美集团对RFID技术也是喊得多做得少，没有真正应用起来。